résumé : Nous sommes en 1878 à Tokyo, dix ans après que l'Empereur Meiji ait mis fin au Shogunat. Les artisans de sa restauration au pouvoir occupent désormais les postes clefs du gouvernement. Cependant, l'un d'entre eux, qui travaillait dans l'ombre, a refusé cette voix royale contraire à ses principles.
Cet homme, Battosaï l'assassin, a été un exécuteur très efficace des basses oeuvres de l'Empereur mais il a choisi de disparaître et de devenir Kenshin Himura, un simple vagabond qui voyage avec son sabre à lame inversée, une arme qui n'est pas faite pour tuer.
Dans le premier épisode, Kenshin fait la connaissance de Kaoru Kamiya, une jeune fille de dix sept ans. Elle est l'héritière d'un dôjô de kendo et doit perpétuer l'enseignement de son école, mais tous les élèves sont partis depuis la mort de son père. Kenshin intervient pour démasquer un imposteur qui se fait passer pour Battosaï l'assassin et qui convoite le dôjô de Kaoru. L'affaire réglée, elle le convainct de rester pour l'aider à relancer l'école de kendo.
Au gré des aventures, de nouveaux amis viennent loger au dôjô. Il s'agit d'abord de Yahiko Myôjin, un garçon issu d'une pauvre famille de samouraï mais très fière. Vient ensuite se joindre à eux Sanosuke Sagara, un combattant hors pair, mais moins expérimenté et moins fort que Kenshin.
Le groupe se trouve confronté à des parvenus sans scrupules et avides de pouvoirs, ainsi qu'à toute une série d'anciens adversaires de Battosaï, qui rêvent de vengeance et qui ont repris leurs activités d'assassins ou d'intriguants